Pour les détections basées sur l'ARN, l'ARN est d'abord transcrit en ADN complémentaire (ADNc) par transcription inverse. Cette étape n'est pas nécessaire pour les tests basés sur l'ADN. Chaque coffret EURORealTime contient tous les réactifs PCR nécessaires sous forme prête à l'emploi, y compris la transcriptase inverse et/ou l'ADN polymérase, ainsi que les amorces et sondes spécifiques validées. Les sections spécifiques pertinentes de l'ADN/ADNc sont amplifiées un million de fois en utilisant la réaction en chaîne par polymération (PCR). Deux molécules d‘ADN de départ (amorces) définissent la région à copier. Si l‘échantillon de patient contient la section d'acide nucléique correspondante (séquence cible), les amorces s‘apparient et la séquence cible est copiée. Cette réaction est répétée plusieurs fois, de façon à ce que la région d'ADN entre les amorces soit exponentiellement amplifiée. Au cours de chaque cycle PCR, des sondes ADN spécifiques marquées par fluorescence se lient à la séquence cible et ne produisent un signal fluorescent que si une amplification de l'ADN a eu lieu. À la fin d'un cycle PCR, l'intensité de la fluorescence est mesurée afin de suivre l’amplification de l'ADN en temps réel. Si les séquences cibles sont absentes de l'échantillon de patient, les amorces et les sondes ne peuvent pas se lier : L’ADN n’est pas amplifié et il n’y a pas d'augmentation du signal fluorescent. Grâce à l'utilisation de standards de quantification appropriées, cette méthode permet également de quantifier la quantité d'acide nucléique dans l'échantillon d'origine. De plus, l'utilisation de plusieurs colorants fluorescents avec différentes longueurs d'onde d'excitation et d'émission permet de détecter différentes séquences d'acides nucléiques en seulement une réaction.